Конфигурация содержит доработки
Если в конфигурацию вносились изменения, то для того, что бы они работали в версии 3.0 их необходимо оптимизировать, а иногда и "переписать" заново.
Возможен вариант, что добавленный вами функционал уже присутствует в версии 3.0 в рамках типового решения. Проконсультируйтесь со специалистом по поводу переноса доработок на версию 3.0.
Кроме того, для сильно измененных конфигураций могут потребоваться дополнительные операции по переносу данных.